بخش راهنما برای انجام کار طراحی شده است: آماده‌سازی فایل، انتخاب پارامتر، اجرای ابزار و تفسیر خروجی.
بخش «ممیزی بازتولیدپذیری» برای ارزیابی علمی روش است: منبع، اجزای پیاده‌شده، اجزای پیاده‌نشده، مراحل دستی، محدودیت‌ها و سطح بازتولیدپذیری هر ابزار را نشان می‌دهد.
هنگام اجرای پژوهش از هر دو بخش استفاده کنید. راهنما به پرسش «چگونه اجرا کنم؟» پاسخ می‌دهد و ممیزی به پرسش «این اجرا دقیقاً چه بخشی از روش منتشرشده را بازسازی می‌کند؟».